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一、經文據《麗藏》玄奘譯本，與世所習誦者異。
二、科依義疑(錄者案——扶桑體具實觀述：《藥師琉璃光如來本願功德經義疏》三卷，收入日本《大正藏》中)。
三、問多增文，答據《義疏》，間或遺略，時有潤文；而觀解表法多缺。
四、唯引他文而略疏釋，引文止處，未易見者，旁加(文)字。
五、若屬私意，則上冠‘案’字，以區别也。
六、案經謂此文唐疏者，指《藥師本願經疏》(隋本)，唐慧觀撰。系敦煌石室所發現之佚本。
七、經文句讀，據大師寫本。(目次中甲一之‘一’，即内文子目之‘初’字。)
八、析疑文标點，乃後人所加。
二、科依義疑(錄者案——扶桑體具實觀述：《藥師琉璃光如來本願功德經義疏》三卷，收入日本《大正藏》中)。
三、問多增文，答據《義疏》，間或遺略，時有潤文；而觀解表法多缺。
四、唯引他文而略疏釋，引文止處，未易見者，旁加(文)字。
五、若屬私意，則上冠‘案’字，以區别也。
六、案經謂此文唐疏者，指《藥師本願經疏》(隋本)，唐慧觀撰。系敦煌石室所發現之佚本。
七、經文句讀，據大師寫本。(目次中甲一之‘一’，即内文子目之‘初’字。)
八、析疑文标點，乃後人所加。